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流産の医療費控除|確定申告での申請方法

2026/4/22

流産の医療費控除|確定申告での申請方法

流産の治療費は意外と高額になることがあります。しかし、確定申告で医療費控除を申請することで、負担した費用の一部を税金として取り戻せる可能性があります。この記事では、流産に関連した医療費が控除の対象になるか、申告に必要な書類、計算方法、注意点までをわかりやすく解説します。

この記事でわかること

  • 流産に関連する医療費が医療費控除の対象になるか
  • 医療費控除の計算方法と戻ってくる金額の目安
  • 申告に必要な書類と手続きの流れ
  • 不育症治療・不妊治療との組み合わせ申告のポイント

流産の医療費は医療費控除の対象になる

流産(自然流産・手術による流産処置)に関連する医療費は、医療費控除の対象になります。流産手術(子宮内容除去術)・診察料・検査費・処方薬代・交通費(電車・バス)なども含めて申告できます。「流産は治療ではないから対象外では?」という誤解がありますが、医師による診察・処置が伴うものは原則として対象になります。

流産関連で控除対象になる費用の例

費用の種類

控除対象

備考

流産手術(子宮内容除去術)費用

対象

保険適用・自費どちらも可

流産前後の診察料・検査費

対象

超音波・血液検査等含む

処方薬(子宮収縮薬・抗生剤等)

対象

院外処方薬局での購入も可

通院交通費(電車・バス)

対象

領収書不要・記録があれば可

入院費(宿泊費・食事)

食事代は対象、個室代は原則対象外

医療費のみ対象

市販薬(痛み止め等)

医師の指示なしは原則対象外

処方薬のみ対象

タクシー代(急を要する場合)

状況による

公共交通機関利用が困難な場合に限定

医療費控除の計算方法——戻ってくる金額の目安

医療費控除は「1年間に支払った医療費の合計額が10万円(または所得の5%)を超えた部分」が所得控除の対象になります。控除額×所得税率分の税金が還付される仕組みです。

計算式

  • 控除額 = 1年間の医療費合計 - 保険金等で補填された金額 - 10万円(または所得×5%)
  • 還付金額の目安 = 控除額 × 所得税率(5〜45%)+ 住民税軽減(10%)

具体的なシミュレーション

ケース

1年間の医療費合計

控除額

還付の目安(税率20%の場合)

流産手術のみ

15万円

5万円

約1万円

流産+不育症検査

30万円

20万円

約4万円

流産+不妊治療(保険)

50万円

40万円

約8万円

流産+不妊治療(自費含む)

80万円

70万円

約14万円

※実際の還付額は所得・控除の状況によって異なります。上記はあくまで目安です。

申告に必要な書類——事前に準備するもの

医療費控除を確定申告で申請するには、医療費の記録と税務署への申告が必要です。書類は翌年1月以降に準備を始めることが多いですが、領収書・交通費の記録は治療中から収集しておくことを強く推奨します。

必要な書類・情報

  • 医療費の領収書:クリニック・薬局・検査機関等で発行されたもの(原本または写し)
  • 医療費控除の明細書(国税庁提供フォーム):確定申告書と一緒に提出
  • 源泉徴収票:会社員の場合、勤務先から発行されるもの
  • マイナンバーカードまたは通知カード+身分証明書
  • 通院交通費の記録:日付・利用交通機関・金額のメモ(領収書不要)

医療費通知書の活用

健康保険組合から送られてくる「医療費通知書(医療費のお知らせ)」を使えば、領収書の一部を省略できます。ただし、自費診療(保険外)は記載されないため、自費分は別途領収書を保管してください。

確定申告の手続き——手順と期限

会社員で確定申告をしたことがない方でも、医療費控除のためだけに確定申告することは可能です。e-Tax(インターネット申告)を使えば自宅から手続きを完結できます。

手続きの流れ

  1. 1年間(1月1日〜12月31日)の医療費・交通費を集計する
  2. 国税庁のe-Taxサイト(確定申告書等作成コーナー)で申告書を作成する
  3. 医療費控除の明細書に医療機関・金額を入力する
  4. 申告書を提出(e-Tax:2月16日〜3月15日が通常の申告期間。医療費控除のみの申告は1月から可能)
  5. 指定口座に還付金が振り込まれる(申告後1〜2ヶ月が目安)

不育症治療・不妊治療との組み合わせ申告

流産の医療費だけでなく、不育症治療・不妊治療・妊婦健診費用も同じ年の医療費合計に含めて申告できます。複数の医療機関を受診している場合は全ての領収書を合算します。

合算できる費用の例

  • 不育症検査・治療費(血液検査・ヘパリン等)
  • 不妊治療(体外受精・顕微授精・人工授精)——保険適用分も含む
  • 妊婦健診費用(助成を受けた場合は差引後の自己負担分)
  • 夫の不妊検査費用(同一生計の配偶者の分も合算可)
  • 産後の健診・入院費用

FAQ(よくある質問)

Q1. 流産が自然流産で手術を受けていない場合も対象になりますか?

自然流産後の診察・検査・処方薬は医療費控除の対象になります。手術の有無は関係ありません。経過観察のための通院費用も含めて申告できます。

Q2. 流産した年と翌年をまたいで通院しています。どちらの年に申告すればいいですか?

医療費控除は「支払った年(1月1日〜12月31日)」ごとに計算します。12月の通院分は翌年1月に支払う場合、翌年分の医療費として計上します。年をまたいだ場合は、それぞれの年の確定申告に振り分けてください。

Q3. 会社の年末調整でまとめて処理できますか?

医療費控除は年末調整では処理できません。必ず確定申告で申告する必要があります。会社員でも医療費控除のためだけに確定申告をすることができます。

Q4. 5年分まとめて申告できますか?

医療費控除は申告期限から5年間は還付申告(更正の請求・還付申告書の提出)ができます。過去に申告していない年分があれば、さかのぼって申告することが可能です。ただし、領収書は5年間保管しておく必要があります。

Q5. セルフメディケーション税制と医療費控除はどちらを選べばいいですか?

どちらかしか選べません。流産・不妊治療のように医療費が10万円を超える場合は通常の医療費控除が有利です。市販薬の使用が多く医療費が少ない場合はセルフメディケーション税制を検討します。どちらか有利な方を選択してください。

Q6. 交通費の記録が不十分です。どうすればいいですか?

通院交通費は領収書がなくても、日付・医療機関名・利用交通機関・金額をメモしたもので申告できます。Suicaの利用明細・クレジットカード明細なども参考資料になります。今後の通院分からでも記録を始めることを推奨します。

まとめ——流産の医療費控除は「申告しないと損」

流産にかかった医療費は、医療費控除の対象になります。10万円の壁を一つの目安に、不育症治療・不妊治療の費用も合算して申告することで、数万円単位の還付が期待できることがあります。

  • 流産手術・診察・薬代・通院交通費は医療費控除の対象
  • 1年間の医療費合計が10万円を超えた分が控除対象
  • 不育症・不妊治療費と合算申告が可能
  • e-Taxを使えば自宅から申告手続きが完結する
  • 過去5年分はさかのぼって申告可能(領収書保管が条件)

当院について

当院では流産・不育症治療に関する領収書の発行を適切に行っています。医療費控除についてご不明な点がある場合は、受付またはスタッフにお気軽にお尋ねください。確定申告については税務署・税理士にご相談いただくことをお勧めします。

【免責事項】本記事は医療費控除の一般的な情報提供を目的としており、個別の税務相談に代わるものではありません。申告内容については税務署・税理士にご確認ください。記事内の情報は執筆時点のものであり、税制改正によって変更される場合があります。

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この記事を書いた人

EggLink編集部

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公開:2026/4/22更新:2026/5/2